11 декабря 1919 года по подозрению в контрреволюции и помощи дезертирам был арестован священник Никольской церкви Дмитрий Малинин. В 1920 году он был приговорен к заключению на срок 15 лет, но по ноябрьской амнистии в том же году срок был уменьшен до пяти лет работ в концлагере. 28 апреля 1922 года в храме произведено изъятие ценностей, в том числе и один серебряный крест весом полфунта.
С 1924 года в селе Никольском cтал служить зять отца Димитрия священник Сергий Воздвиженский. 27 января 1932 года отец Сергий также был подвергнут аресту, но по суду был оправдан. 14 марта 1933 года произошел его повторный арест и на сей раз последовал приговор на три года работ в концлагере. Во время нахождения в Свирском лагере приговор был пересмотрен и священника Сергия освободили по состоянию здоровья 4 октября 1933 года. К этому времени церковь в селе Никольском была закрыта и придписано было использовать ее под зернохранилище, но это решение было опротестовано. Вернувшись из лагеря отец Сергий вступил в состав колхоза, но довольно быстро был исключен из него. Некоторое время еще служил он в храме, однако в самые свирепые времена, с февраля 1937 года богослужений уже не совершал. И в конце концов, 28 августа все того же лютого 1937 года, тройкой при УНКВД СССР по делам Московской области был вынесен приговор - расстрел. Буквально через два дня приговор был приведен в исполнение на злосчастном Бутовском полигоне. Видимо, с того времени храм пустовал и богослужения в нем не совершались.
В советские годы церковь подверглась разграблению и частичному разрушению: утрачены покрытия сводов, тябловый иконостас, иконы которого попали в Центральный музей древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублева. Некоторое время здание все-таки использовалось как зернохранилище. Пик разорения храма пришелся на семидесятые годы.
Активное восстановление храма началось в 1996 году и первое богослужение состоялось уже в 1997 году. На сегодняшний день храм имеет главку с крестом, восстановлены колокольня, трапезная, кровля и фасад и даже построена котельная.
Обновилось и внутреннее убранство церкви: трапезная расписана изнутри, завершаются работы по росписи четверика, обновлены иконы в резных киотах и голгофа и на хранение помещена частица мощей преподобного Иосифа Волоцкого.
При храме выстроено здание воскресной школы. Первый этаж здания оборудован под крестильную комнату для младенцев и взрослых, на втором расположены кельи для приема паломников, библиотека, ризничная. Настоятелем храма числится протоиерей Алексей Бубнов.