В писцовых книгах XVII века можно встретить строки о деревянной церкви во славу Апостола Иоанна Богослова, что в селе Сынково, в 1628 году она имела придел в честь святителя Николая архиепископа Мир Ликийских.
В 1757 году место прежней, старой церкви занимает новая на тот же манер, с дополнительным приделом во славу иконы Божией Матери “Всех скорбящих радости”. Этот храм прослужил верой и правдой 135 лет и уже с трудом вмещал всех прихожан на конец XIX века. И вот в 1892 году храм сгорел в страшном пожаре, выпавшем точно на время Великого Поста. Остро встал вопрос о строительстве нового дома Божиего, но более крупного и каменного. Разрешение было получено, на средства причта и прихожан заготовлены были красный кирпич, бутовый тесаный и белый камни.
Проектировать здание храма взялся архитектор Садовников Н.М. Это был его первый проект столь важного и величественного во всех отношениях здания. Автор задумал использовать в архитектуре строения византийский стиль, но, забегая вперед, отметим, что не все идеи автора были реализованы в камне. В 1899 году архитектурное проектирование храма было закончено. Закладка храма началась в 1900 году, о чем говорит табличка, найденная при реставрации 2006 года. Нашли ее под престолом в алтаре храма укрепленной на плите из известняка с рельефным четырехконечным крестом. Надпись на табличке гласит, что храм был воздвигнут при правлении императора Николая Александровича и Митрополите Владимире в 1900 год от Рождества Христова день 18 шестого месяца. В 1906 году новый храм торжественно освятили. Итогом вышло, что Иоанно-Богословский храм в селе Сынково получился в стиле эклектика, без особого излишнего убранства. Храм был одноглавый, крестово-купольный, имел трапезную, переходящую в невысокую колокольню. Имелась паперть и два придела. Первый, уже по традиции освященный во славу Николая Чудотворца. Второй во славу иконы Божией Матери "Взыскание погибших" вместо предела иконы Богородицы "Всех Скорбящих Радость".
В 20-е годы прошлого столетия храм был закрыт, после чего разграблен. Сын настоятеля храма, Иоанн Косинский, будучи священником был арестован 26.01.1938 года и через месяц допросов, так и не признав своей вины (антисоветская деятельность) был хладнокровно расстрелян на Бутовском полигоне в 1938 году . Иоанн Косинский входит в число новомучеников, канонизированных сегодня РПЦ. Колокольня храма была разрушена, внутреннее пространство его было поделено на три этажа перекрытиями. На старой фотографии, представленной в галерее можно видеть трубы от печей каждого этажа и внешнюю лестницу на второй этаж. После 1975 года в помещении храма были пожары, окончательно уничтожившие все росписи оригинальную кровлю храма.

В 1992 году храм возвращается православной общине. С этого момента, в трудные для страны времена восстановление храма ведется медленно, но к 2001 году удается восстановить колокольню. С наступлением 2000-х годов приходит период возрождения храма Иоанна Богослова в селе Сынково. Решено было максимально точно восстановить храм в соответствии с изначальными чертежами Садовникова. За проект реставрации берется архитектор Зябин И.М. Были изучены особенности храмов византийского стиля, построенных в Греции, Сербии. К 2010 году восстановительные работы завершены полностью, храм обретает новые, величественные черты, красуясь двумя куполами (второй на колокольне) и множеством полукуполов. Приходская жизнь в селе входит в обычное русло.