Летописи польского нашествия на святую Русь помнят героическое событие именуемое "Троицкое сидение". Тогда множество иноков повторили священный боевой подвиг учеников Сергия - Пересвета и Ослябя. Сделали же они это по благословению преподобного Дионисия игуменя обители того времени. С 23.09.1608 по 12.01.1610 длилась осада поляками обители Живоначальной Троицы. Велико было желание врагов разрушить до основания этот священный оплот православия и заодно поживиться его ценностями. Однако, по заступничеству Божией Матери и по молитвам самого Сергия, захватчики бежали сломя голову от стен монастыря, напуганные Божиим гневом. Позднее и их предводитель, по фамилии Лисовский лютой смертью покинул этот мир точно 25 .09.1617 день памяти Преподобного.

Уже в 1618 году под стены монастыря приходил с войсками и королевич польский Владислав. Но что он мог поставить благодати Господней, охраняющей обитель. В итоге перемирие с Россией в скором времени было подписано и случилось это селе Деулине, в принадлежавшем к угодьяммонастыря. Именно здесь позднее был сооружен храм в честь Преподобного Сергия Радонежского.

Приехавший в Россию из Иерусалима в 1619 году патриарх Феофан посетил и лавру. Особым его желанием было лицезреть тех иноков, что в момент опасности для обители и Отечества вышли на врага. Тех, что посмели поверх одеяний иноческих возложить на себя кольчуги боевые, взять оружие в руки и подняться на стены святой своей обители, громя и сокрушая врага. Игумен, преподобный Дионисий († 1633), стоявший во главе всей обороны, представил перед лицом патриарха более двух десятков монахов.
Первым среди них оказался отец Афанасий (Ощерин), не то что преклонных лет человек, а старец седой. Патриарх вопрошал его: "Ты ли, старче, на войну ходил и над воинами начальствовал?". Инок отвечал: "Да, святой Владыко, понужден был слезами кровавыми". - Феофан спрашивал далее: "А что все же свойственнее монаху - уединение молитвенное или подвиги ратные пред людьми"? На что, с поклоном, отвечал Афанасий: "Любая вещь и любое дело познается во время подходящее. На голове моей роспись латинян, от оружия. В теле моем еще шесть свинцовых напоминаний сокрыто. Сидя в келлии, проводя все время в молитвах, смог бы разве я обрести столь сильных побудителей к стенанию и воздыханию? Да и было это все не по нашему изволению, но по благословению сил пославших на службу Господу нас". Столь мудрый ответ растрогал патриарха. Он благословил Афанасия и поцеловал его. Так же патриарх благословил и остальных иноков-воителей и выказал всему братству лавры одобрение.

В тяжелейшее для народа Руси "Смутное время" столь героический подвиг братства обители описан келаремкеларем Симоном Азарьиным в агиографических записях: "Книга о чудесах Преподобного Сергия" и книга о житии преподобного Дионисия Радонежского" и келарем Авраамием (Палицыным) в его "Сказании о событиях Смутного времени".

В дальнейшие периоды существования обитель продолжала оставаться источником духовной жизни и просвещения. Члены ее братии выбраны были многими иерархами Русской Церкви на служения. В 1742 году на базе монастыря учреждена духовная семинария. В 1744 году великая обитель за неоценимую роль в жизни Отечества была удостоена почетного знания лавры. Позднее, в 1814 году Московская духовная академия на территорию Троице-Сергиевой лавры перенесена.

Даже в наше время обитель Живоначальной Троицы представляется благодатным оплотом Русской Православной Церкви. Изволением Святого Духа именно здесь совершаются действа Поместных Соборов Русской Церкви. Именно в лавре определено местопребывание для Святейшего Патриарха Московского и всея Руси, носящего на себе особое благословение от Преподобного Сергия, по устаноявшемуся правилу являясь "священно архимандритом Свято-Троицкой Сергиевой Лавры".