За свои два брака Фридрих Август 2 так и не нажил наследников, что сделало Иоганна единственным наследником престола за все время царствования его брата. Наконец, 09.08.1854 Иоганн становится королем Саксонии, после трагической гибели своего брата Фридриха Августа 2 в катастрофе.
К основным достижения Иоганна как правителя можно отнести организацию в 1855 судебной власти, расширение железных дорог, провозглашение свободы торговли. Под его предводительством прошло принятие французского торгового договора (1862) и налаживание отношений с Италией. Под влиянием своего министра фон Бейста он поддерживал идею создания Великой Германии и объединения с Австрией. Именно поэтому в 1866 Саксония воевала на стороне Австрии в Австро-Прусской войне. Потерпев поражение, Саксония вошла в Северо-Германский Союз, а позднее (1871) и в состав Германской Империи под началом Пруссии. В таком положении королевствовать Иоганну было отпущено всего два года, после чего он скончался в возрасте 71 год.
Помимо политической деятельности, Иоганн был так же большим любителем литературы. Работая под ником Philalethes, он перевел на немецкий язык "Божественную комедию" Данте. Отдельные части этого произведения были помещены в замок Вессенштайн. Один из районов Дрездена называется Иоганштадт (Johannstadt) в честь талантливого четвертого короля Пруссии.